در فاصله 8 کیلومتری شهر بادرود و در 38 کیلومتری شمال شرقی شهر نطنز در دل کویر، آرامگاه و آستان دو بزرگوار از سلاله پیغمبر اکرم (ص) به نام امامزاده آقاعلی عباس و امامزاده محمد (ع) از فرزندان حضرت امام موسی کاظم (ع) و برادران حضرت ثامن الائمه علی ابن موسی الرضا (ع) و حضرت معصومه (ع) قرار دارد. این مکان در گذشته محل زندگی هیچ زی حیاتی نبوده و به برکت این دو بزرگوار محل عاشقان به اهل بیت عصمت و طهارت گردیده است و سالیانه عده کثیری از زائرین از اطراف و از سراسر کشور اسلامی ایران به زیارت مرقدشان مشرف می شوند.
بر اساس کتب قدیمی و تاریخ این دو امامزاده عالی مقام به اتفاق حضرت شاهچراغ (ع) كه بارگاهشان در شیراز پذیرای زائران است و عده دیگری از سادات و موالیان به منظور ملاقات برادر بزرگوار خود حضرت امام رضا (ع) به ایران آمدند و در راه به حوالی كاشان رسیدند، که در آن زمان فرمانروایش عبدالجبار طبرسی نامی از زمره دوستان اهل بیت عصمت و طهارت (ع) بوده است. عبدالجبار به محض اطلاع از ورود ایشان به خدمتشان رسیده و پس از بردن آنها به منزل خود به مدت 17 شبانه روز از آنها پذیرائی كرد . او به دلیل عدم اطمینان به گفتار مأمون خلیفه عباسی آنها را از رفتن به طوس بازداشته و اظهار کرده که اقوال و كردار مأمون روی حساب سیاست سلطنتی خود استوار است، فعلاً بمانید تا خبر صحیح برسد
آنها مدتی در حوالی كاشان و فین ماندند، سپس حركت كرده تا روستای یزدلان و از آنجا به روستای بادافشان (بادرود امروزی) رسیدند. فرمانرواهای این نواحی نیز از آنها به شایستگی پذیرایی کردند و آنها در زمان ماندن در روستاها افراد زیادی را با خود همراه کردند.
پس از شنیدن خبر شهادت حضرت علی بن موسی الرضا (ع) در روز چهارشنبه هفتم ربیع الاول سال 203 هجری آنها اقامه عزا نمودند. مردم آن نواحی برای عرض تسلیت خدمت امامزادگان رسیدند تا مدت چهل روز گذشت؛ سپس آنها را به حمام برده و لباس عزا را از تنشان بیرون آوردند؛ پس از چندی توقف در قلعه بادافشان با قصد برگشت به وطن به راه افتادند .
خبرچینان خبری مبنی بر اینکه برادران حضرت امام رضا (ع) قصد آمدن به طوس برای گرفتن انتقام خون برادرشان را دارند، به گوش مأمون رسانیدند. مأمون از شنیدن چنین خبری به وحشت افتاد و فرمان داد تا لشکری بر سر راه آنها قرار گرفته و فرزندان امام موسی کاظم (ع) را به قتل برسانند.
طبق نقل قول ها، روز چهاردهم جمادی الاولی سال 203 هجری بود كه امامزادگان از بادافشان در حال كوچ بودند كه لشكر مأمون رسیده و پس از محاصره ، آب و نان را از ایشان و اصحابشان منع كرده است. پس از گذشت چندین روز اصحاب آن دو بزرگوار ، یک به یک به شهادت رسیدند.
آن دو بزرگوار در نیمه شب به قصد فرار از بادافشان بیرون آمده تا بلكه بتوانند خود را از شر لشكر مأمون نجات بدهند و به وطن خود باز گردند. پس از طی مقداری از راه، در محلی گم شدند و پس از طلوع صبح خود را پشت حصار قلعه بادافشان دیدند. در این لحظه بود كه این دو بزرگوار فرمودند: انالله وانا الیه راجعون.
لشگر مأمون دور آنان را گرفتند اما نوادگان پیامبر (ص) تسلیم نشده و چنان شجاعتی به خرج دادند كه باعث حیرت و تعجب گردید . عده ای را به خاک افکندند و وقتی سپاه ناتوان شد، جدایی بین آن دو بر آمدند . حضرت شاهزاده محمد (ع) بر آن جماعت حمله كرد، و عدهای را هلاک نمود. ناگاه یکی از سپاهیان مأمون از كمینگاه بیرون آمده و شمشیرش را بر کتف مبارک آن حضرت فرود آورد و او را از اسب به زمین انداخت. سپاهیان دور بدن نازنین او را گرفتند و با شمشیر و خنجر پاره پاره نموده و به شهادت رسانیدند.
سپس همه سپاهیان به سوی حضرت علی عباس (ع) حمله ور شدند. او نیز بر دشمنان تاخت تا آن كه از كثرت جراحات وارده بر بدن و خونریزی زیاد از اسب روی زمین افتاد. سپاهیان با شمشیر و نیزه و خنجر، بدن مطهر حضرت علی عباس (ع) را قطعه قطعه كردند و او را به شهادت رسانیدند.
و اینگونه شد که آن دو بزرگوار با شكم گرسنه و لب تشنه همانند جد بزرگوارشان اباعبدالله الحسین (ع) به فیض شهادت نائل آمدند. به طوری كه نقل شده اجساد مطهر این دو امامزاده چندین شبانه روز در آن بیابان افتاده بود و كسی جرات دفن آنها را نداشت تا اینکه شیرزنان خالدآباد به قصد دفن آنها رفتند و مردان نیز به كمك آنها شتافتند و آن دو بزرگوار عالی مقام را در محلی که اکنون بارگاه مجلل ایشان است به خاك سپردند.
این بارگاه مقدس در مجموعهای با زیربنای 36000 مترمربع قرار گرفته است که 5000 متر مربع آن مربوط به ساختمان حرم مطهر و صحنهای آن میباشد . از تمام زیربنا تنها 13000 متر مربع آن با کمی تغییرات و مطابق طرح احداث گردیده است .
امامزاده از دو طبقه تشکیل می شود که 10 رواق و 4 درب ورودی دارد .ارتفاع گنبد 45 متر و قطر آن 23 متر است. تمام گنبد مزین به هنر کاشیکاری است. در دو طرف گنبد زیارتگاه نیز دو گلدسته به ارتفاع 40 متر و قطر 3/5 متر قرارگرفته است. آینهکاری و گچکاری نمای داخل گنبد و فضای بارگاه ملكوتی امامزاده آقا علی عباس و شاهزاده محمد (ع) نشان از ظرافت و دقت دستان هنرمندان کشورمان دارد .ضریح حرم با ابعاد 4 در 5 متر بسیار چشم نواز و از جنس طلا است و سنگ مزار امام زادگان در داخل آن قرار دارد .
در طبقه فوقانی حرم، موزه امامزاده به مساحت 150 متر مربع و كتابخانهای به مساحت 100 مترمربع و 3000 جلد کتاب به منظور استفاده زائران قرار دارد در قسمت جنوبی صحن مطهر، ساختمانی به عنوان مرکز فرهنگی قرآنی برای عموم مردم در نظر گرفته شده است. در گوشه غربی صحن جهت برخورداری زائرین و مسافرین از خدمات درمانی و پزشكی، دارالشفای زیارتگاه و در گوشه پایین صحن نیز گلزار شهدای گمنام قرار داشته كه مورد توجه و تكریم زائرین این بارگاه قرار دارد.
آستان امامزادگان آقاعلی عباس و شاهزاده محمد (ع) در فاصله 8 کیلومتری شهر بادرود و در نزدیکی خالدآباد و 38 کیلومتری شمال شرقی شهر نطنز قرار دارد و به فاصله 16 کیلومتری به جاده ترانزیت بندرعباس ـ تهران، وصل شده و در حد فاصل 70 کیلومتری جنوب شرقی کاشان و 60 کیلومتری شمال غربی اردستان است.